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PCR产物测序问题.我用简并引物扩增未知基因.设计了几对引物.都出现了目的条带.发现其中两对引物的产物长度比较长.因为我

来源:学生作业帮 编辑:搜搜做题作业网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/04/27 23:49:06
PCR产物测序问题.
我用简并引物扩增未知基因.设计了几对引物.都出现了目的条带.发现其中两对引物的产物长度比较长.因为我最终是要拿到这个未知基因的全长.我想选择最长的目的条带去测序.最后用RACE扩增全长的时候就能省点力气.还有,可不可以直接胶回收纯化送去测序?省掉TA克隆.我的目的片段长度1300BP.没分了.
PCR产物测序问题.我用简并引物扩增未知基因.设计了几对引物.都出现了目的条带.发现其中两对引物的产物长度比较长.因为我
PCR 产物测序的最大风险是有在凝胶上看起来的一个条带,实际上有多个分子.也就是说长度相似的分子有可能在电泳的时候只有一条带.如果只是进行PCR产物回收,没有进行凝胶分离的过程的话,东西可能更多了.问题就在于,如果出现双峰或者多峰,这个样品就白送了,什么也结果也没有.
特别你现在用的还是简并引物,本身目标就是为了能扩增出目标片段来,比较建议先做TA克隆,然后测序的时候,最好挑几个克隆去测,不要只送一个克隆.现在测序也不贵,这样一次测上几个克隆,也可以确认在扩增出来的片段中,是否只有一个分子,还是其实有多个不同序列的片段.
另外,长度选择的问题,既然设计了简并引物,就是要钓取目前序列还未知的基因,可以选择从长片段开始测序,根据这个结果再考虑短的片段是否需要再继续测序.只有拿到目标序列了,才能决定下一步采用什么方式来获得全长的基因片段.