搜搜做题作业网引物的Tm值包括酶切碱基.保护碱基吗?
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/05/01 00:09:02
博凌科为-为你先看一下Tm的定义：Tm=Temperatureatwhich50%ofagivenoligonucleotideishybridizedtoitscomplementarystrand
Tm(解链温度)是指50%双链被解开成单链时的温度.寡核苷酸浓度和盐浓度会影响Tm值的大小.Tm 值 有 多 种
那就扩增不出来了呗~再问：不大可能扩不出来，最多是扩的乱七八糟，因为一种引物“失效”，那它起码也是“不对称PCR”啊。请问允许的最大差异是多大？再答：你用primerpremier设计引物不就得了
这个百度看一下吧
负责引物合成的公司会给你引物的详细信息,其中有理论Tm值,应该是和这个公式Tm=2*（A+T）+4*(G+C)计算的一样,你在进行调整优化即可.
那是一对引物,通常所说的正向,反向.他们的碱基不一样,当然Tm值也就不一样了.所以设计引物时尽量设计一术的Tm值,有利于选择最佳的退火温度.
退火温度与引物的TM值的关系主要和DNA聚合酶与其buffer有关.有些退火温度要比TM低5度、3度,有些还会高3度,有些是一模一样的.主要参考不同公司所生产的DNA聚合酶的说明书.
退火温度
试试把退火时间延长一些,看能不能把两条链连上.一般就是照着引物的Tm值做就可以的.再问：退火时间是30S，应该足够了，对于退火温度能给个建议吗？我现在不加两端引物，先做Pool，看看能不能连，谢谢你的
退火温度与引物的TM值的关系主要和DNA聚合酶与其buffer有关.有些退火温度要比TM低5度、3度,有些还会高3度,有些是一模一样的.主要参考不同公司所生产的DNA聚合酶的说明书.
4(G+C)+2(A+T)是对Tm的一个近似估算值,里面的ACGT是指相应碱基的个数.所以只知道GC含量40%是不能估算的.可以考虑一下,一条18bp的引物和一条24bp的引物,GC含量一样的话,后者
你设计出来以后,BLAST一下,扩增是特异的,接着就像一般的real-timepcr一样做的行了,不需要上游引物高一点.引物的Tm值要求和你用的哪个公司的酶和你用的哪个仪器有关.
15个碱基有点少,可能特异性不够高.我一般设计20个左右,加上酶切位点和保护碱基就快30了.
Tm指的是把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度.我们PCR时候,当然不能用Tm值来作为退火的温度.一般来说,退火温度比Tm值要低上5度左右.但是这个也不是绝对的.建议你如果说模板比较充足的话,做一个梯
Tm值本来就是人为定的一个预测值,三个Tm值代表的是不同的计算方法,常用的是第三种2*AT+4GC.看退火温度时,酶切位点和保护碱基一般是不考虑在内的,因为pcr扩增时这段序列一般是不跟模板结合的,所
DNA的Tm值是指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度.不同序列的DNA,Tm值不同.DNA中G－C含量越高,Tm值越高,成正比关系.1的G－C含量最高,因此Tm值最高,选1
跟模板配对的一般选超过20个左右的碱基吧,11个短了点.再问：这样是不是肯定不能有效地扩增目的基因再答：如果引物已经合成好了，可以试试运气。。。做个PCR也花不了多少时间如果引物还没送出去合成，那最好
我用primer5设计出来的Tm值从来都是直接当退火温度用.用引物primer-blast的话我都是直接贴序列上去.有其他菌的匹配很正常,有些进化亲缘性很近的,只要在同一物种中没有匹配上的问题应该不大
带酶切位点的引物是算在长度内的,计算Tm值和GC含量都应将酶切位点包括在内
我觉得不用,而且实验中没有什么问题.